В 1113 папа Пасхалий II утвердил орден официально. Через пять лет преемником Герарда стал французский рыцарь Раймон Дюпюи, первый великий магистр ордена, а сам орден превратился в военную организацию – орден рыцарей св. Иоанна Иерусалимского, подчиненный ордену августинцев. Орден к тому времени разросся настолько, что был разделен на 8 «наций», или «языков», с подразделениями в различных странах Европы и был обязан не только блюсти целомудрие и смирение, но и сражаться за дело христианства до последней капли крови. Вероятно, тот же Дюпюи выделил в ордене три класса: орденских рыцарей знатного происхождения, которые ухаживали за больными и несли воинскую службу, капелланов, отвечавших за религиозную деятельность ордена, и братьев, исполнявших в ордене обязанности прислуги. Рыцари защищали Иерусалим от неверных, но в 1187 были изгнаны Саладином, султаном Египта и Сирии, и обосновались в Акке, который удерживали в течение ста лет. Затем рыцарям пришлось перебраться на остров Кипр.

В 1310, под началом великого магистра Девиларета, они захватили остров Родос, изгнав оттуда пиратов. Трижды турки осаждали остров, но рыцари продержались до 1522, когда были атакованы Сулейманом Великолепным и сдались на почетных условиях, после героической обороны под руководством Филиппа Вилье де Лиль-Адана. В 1530 император Карл V даровал им в управление остров Мальту, где в 1565 рыцари, под началом магистра Жана де Ла Валета, успешно отразили турок. Город Валетта, построенный на месте разрушенных укреплений, носит имя героя этой борьбы. В течение двух веков Мальтийские рыцари патрулировали Средиземное море, сражаясь с турецкими пиратами, строили новые госпитали, и ухаживали за больными. Французская революция нанесла ордену смертельный удар. Декретом 1792 их собственность во Франции была конфискована, а в 1798 Наполеон занял Мальту, вынудив рыцарей искать новое прибежище. Большая часть рыцарей подалась в Россию, где император Павел I был избран великим магистром, чтобы воскресить былое величие ордена, но после смерти императора (1801) орден прекратил существование.

В 1879 была предпринята попытка возродить орден, когда папа Лев XIII восстановил должность великого магистра, и в течение последующих лет были организованы три «нации» – в Италии, Германии и Испании, но былой славы ордену вернуть не удалось. Великое Британское Приорство Почетного Ордена Госпитальеров св. Иоанна Иерусалимского, этот протестантский орден, основанный в Англии в 1830, сохраняет отдаленные, хотя неофициальные связи с Орденом мальтийских рыцарей. Эта организация известна своими заслугами в области социальной работы и работы в больницах, а также созданием Санитарной ассоциации св. Иоанна во время Первой мировой войны.

Католические филиалы ордена просуществовали до 21 в. в ряде европейских и африканских стран, в США и Южной Америке.